Работа с браузерами: 
CCleaner может чистить кэш веб-страниц, историю посещений и куки у любого из пятёрки наиболее распространённых браузеров - IE, Opera, Firefox, Chrome и Safari. Кроме того, программа умеет удалять файлы index.dat, создаваемые IE и историю закачек Google Chrome и Mozilla Firefox. 

Работа с системными файлами: 
Программа чистит корзину, системный буфер обмена, временные файлы и файлы журнала Windows, список последних файлов, с которыми работал пользователь и т.д. Имеется даже функция очистки трея и перечня недавно запущенных программ. 
Помимо этого, CCleaner может удалять временные и неиспользуемые технические файлы, создаваемые запускаемыми на компьютере сторонними приложениями наподобие WinRAR, Acrobat Reader, MS Office и т.д. 
CCleaner имеет модуль работы с системным реестром, позволяющий найти и почистить "битые" записи, элементы автозагрузки, файлы *.dll, шрифты и др. 

Безопасность использования: 
Программа использует несколько уровней проверки, чтобы оградить пользователя от случайного удаления нужной информации. 

Полное стирание файлов: 
В CCleaner реализована функция полного стирания файлов - без возможности их последующего восстановления. Стирание информации в этом случае производится методом многократной перезаписи данных на жёстком диске.